北京农学院乡村振兴学院、继续教育学院前身为北京农学院培训部，上世纪80年代初创办函授教育，1987年被列入国家教委公布的北京地区普通高校函授及夜大教育招生之列，具有开办本、专科成人学历教育资格。2001年在此基础上成立继续教育学院，2007年与北京农学院城乡发展学院合署办公。2013年3月学院下设招生与教学管理科，负责成人学历教育招生与教学管理工作。2016年11月重新独立设置继续教育学院，并与北京农学院科技产业集团成立科技集团与继教学院联合直属党支部。2017年5月，继续教育学院增设科级机构“培训部”。2017年11月，学校成立农村干部培训学院，与继续教育学院合署办公，主要任务是服务乡村振兴战略，开展“三农”人才队伍培训。2018年5月，学校成立北农耕读教育中心，亦与继续教育学院合署办公，主要是推进大中小学生劳动教育工作。2018年5月学校成立创新创业学院，与城乡发展学院合署办公，后于2019年5月调整为与继续教育学院合署办公。2019年10月，学校在继续教育学院（创新创业学院、农村干部培训学院、北农耕读教育中心）下增设科级机构学院办公室。2020年3月，独立设置继续教育学院直属党支部。2023年12月，撤销学院直属党支部，改设继续教育学院党支部，隶属学校机关党委。2023年12月，农村农业干部学院更名为乡村振兴学院，仍与继续教育学院合署办公；撤销北农耕读教育中心，业务并入教务处实践教学（劳动教育）中心；调整创新创业学院由教务处归口管理。2023年12月，学校也调整了学院下辖的科级机构，撤销招生与教学管理科，只设学院办公室和培训部，成人高等学历教育工作归入学院办公室负责。2024年12月，撤销学院分工会，调整为学校机关分工会下属的工会小组。